作为当今亚洲泳坛第一人，北岛康介获得的荣誉无数，但亚运会之前，在北岛康介眼中，即将过去的2006年是不折不扣的灾难。

　　从1月份开始训练，肌肉痉挛就一直困扰着他。2月份更是因为手肘受伤而一度停止训练。3月份复出不久，右膝关节旧伤再度发作。

　　4月底，日本全国游泳锦标赛，一直信心满满的北岛头一次在国内比赛中没有底气，生怕自己无缘前三名，以至于无法参加亚运会。最终北岛也只是在50米、100米蛙泳中获胜，而赖以成名的200米蛙泳仅得到第3名。

　　5月，按原计划北岛随队前往关岛进行训练，但状态始终不理想，6月末，扁桃体炎再次击倒了北岛。

　　7月初北岛力排众议地开始了力量训练，凭着股蛮劲，挺了过去。

　　8月，北岛在泛太平洋游泳锦标赛上复出，并以2分10秒87获200米蛙泳银牌，虽然只是银牌，但这也是雅典奥运会之后，时隔两年，北岛才又一次游进了2分11秒。

　　9月再次开始集训备战亚运会的北岛开始改变了训练方法———60%的时间练习自由泳以保持力量，30%的时间练习混合泳，而把练习蛙泳的时间压缩到10%。对于新鲜的训练方式，北岛感到非常满意。

　　11月末，结束了近3个月的关岛集训之后，北岛的身体状况才得到进一步的恢复。

　　出征多哈之前，尽管近年来成绩并不出色，但北岛康介还是当仁不让地成为日本代表团的队长。